Urinen dannes i nyrevævet og udskilles i nyrehulrummet fra nyrens papiller (se billede). 

Fra de små yderligt liggende nyrehulrum (calyces) ledes urinen ind til nyrebækkenet (nyre-pelvis) og derfra ned gennem urinlederen  til blæren. 

Formen og størrelsen af de forskellige hulrum i nyren kan variere en del fra person til person, og de anatomiske forhold kan have betydning for behandlingsvalg.