Visse tarmsygdomme (og bugspytkirtel sygdomme)  kan medføre at fedtstoffer ikke optages i tarmen. Når fedtet ikke optages, er der en øget mængde fedt i tarmen. 
Den øgede mængde fedt i tarmen binder kalk. Kalk og oxalat (oxalsyre) "konkurrerer" om at blive optaget fra tarmen. Da kalken er bundet (til fedtet) optages der mindre kalk, og til gengæld mere oxalat.  Den øgede oxalat optagelse medfører en øget udskillelse af oxalat i urinen og dermed risiko for dannelse af oxalatholdige nyresten.

Forebyggende behandling består derfor af at begrænse indtagelsen af fedt og oxalat, samt at øge indtagelsen af kalk.

Eksempler på tarmsygdomme, som kan øge risikoen for nyresten:
Crohn's sygdom og colitis ulcerosa (såkaldt inflammatoriske tarmsygdomme),
Følger efter tarmoperationer (”korttarms syndrom”).

Eksempler på bugspytkirtel sygdomme, som kan øge risikoen for nyresten:
Kronisk bugspytkirtelbetændelse (pancreatitis).

Bugspytkirtlen laver enzymer som er med til at nedbryde fedt i tarmen.

Cystisk fibrose er arvelig sygdom som påvirker alle kroppens slimkirtler. Diagnosen stilles i spædbarnsalderen. Sygdommen giver lungeproblemer, men kan altså også ramme bugspytkirtlen, hvorfor patienter med cystisk fibrose har en øget risiko for at danne nyresten.